Jun Nishiwaki erwarb 1991 ein Lizenziat in Theologie (S.T.L.) an der Nanzan-Universität, Japan, und promovierte 2002 in Theologie (S.T.D) an der Universität Trier.

Im Jahr 2002 wurde er Dozent an der Fakultät für Politikwissenschaften der Nanzan-Universität, 2004 wurde er dort zum außerordentlichen Professor ernannt und seit 2012 ist er Professor an der Theologischen Fakultät der Nanzan-Universität.

Seit 2018 lehrt Jun Nishiwaki am St. Gregorius Haus (Institut für Kirchenmusik), Tokyo. Seit 2021 ist er zudem Professor für Interkulturelle Studien an der Seinan Gakuin Universität, Fukuoka, Japan. Er ist Autor verschiedener Publikationen im Bereich der Theologie-Liturgie-Gesang.

Seit 2023 ist Nishiwaki Präsident der japanischen Sektion der AISCGre.